دوما كان الاعتياد البابوى ان يقوم بطريرك الكنيسة القبطية الارثوذكسية بصلاة قداس عيد الغطاس بالاسكندرية وفى عهد البابا شنودة الثالث كان يحرص على هذا الاعتياد البابوى وكان يلتقى شعب الاسكندرية مرتين كل شهر ويصلى ثلاثاء البصخة بالاسكندرية وبالتحديد بكنيسة مارجرجس بسبورتنج ولم يمنعه عن هذا الاعتياد الا الظروف القهرية مثل استبعاده عن كرسية لمدة اربع سنوات فى فترة التحفظ عليه بدير الانبا بيشوى ومنعه صلاة العيد فى عهد السادات
وفى اخر عهد الرئيس الاسبق مبارك كان يتولى منصب محافظ الاسكندرية اللواء عادل لبيب الذى تفنن فى التعنت ضد الاقباط وبدأت مشاكله مع الكنائس فى الاسكندرية منذ عام 2009
هدم مبنى الخدمات الكنسية بمنطقة سيدى عبدالقادر، ومبنى كينج مريوط التابع لكنيسة أبوسيفين بالإسكندرية، ومبنى كنيسة الأنبا تكلا فى الإبراهيمية، والذى كان يعد لاستخدامه كمستشفى حينذاك لخدمة المنطقة.
وكانت توقيتات الهدم دائماً ما تأتى أثناء وجود الأقباط فى الكنيسة للصلاة، كما حدث فى مبنى الإبراهيمية، حينما نفذ القرار فى أسبوع الآلام قبل عيد القيامة مباشرة».
مما دعا بارسال بيان موقع من جميع أعضاء لجنة الكهنة بالإسكندرية والمجلس الملى إلى المحافظ، استعرضوا فيه جميع المعوقات التى تواجه الكنيسة، وطالبوه بالعدل بين الجميع دون النظر إلى دينهم، لكنه بدلاً من أن يناقشهم فى البيان أو يوضح وجهة نظره فى القرارات التى تراها الكنيسة تعسفية، لم يجب المحافظ ولا أى مسؤول وكأن الأمر لم يكن».
الامر الذى رفض فيه البابا شنودة تعنت المحافظ عادل لبيب ضد الاقباط فأمتنع عن الذهاب لرئاسة صلاة عيد الغطاس حتى لايستقبل المحافظ كما هى العادة فى اليوم الثانى ان يحضر المحافظ وقيادات الاسكندرية لتهنئة البابا والاقباط بالعيد وحينها قال البابا شنودة لوسائل الاعلام انه يرفض التعامل مع محافظ الاسكندرية .
وقد أقال البابا شنودة وكيل بطريركية الاسكندرية حين ذاك لانه كان يقدم تقارير مغلوطة عن علاقة المحافظ بكنائس الاسكندرية .
بينما كانت علاقة االكنيسة والبابا شنودة بالمحافظ محمد عبد السلام المحجوب قوية جدا لانه كان متفهم لاحتياجات الكنيسة فى اطار القانون وظلت علاقته هكذا بعد خروجه من منصبه وحتى وفاته حيث كانت تدعوه الكنيسة فى كل المناسبات والاحتفالات