بعد شعور قصير بالفرحة، عاد الحزن يسكن الاستاذ فاروق فوزي وزوجته امال ميخائيل، والدي الطفل شنودة بالتبني ، لكن هذه المرة مضاعفا، وذلك بعد حكم المحكمة الإدارية بعدم الاختصاص في قضية الطفل، وهو حكم غير متوقعا، حيث ظنا كما كثيرين ان المحكمة ستحكم لصالحهما بعدما قررت حجز الحكم للدعوى لاخر الجلسة.
وابدى المفكر والطبيب خالد منتصر،حزنه الشديد، كون الطفل سيعيش في ملجأ وليس في حضن الاسرة التي ربته، وكتب عبر حسابه على تويتر :” الشعب المتدين بطبعه النهارده نام مطمئناً وسعيداً ، هاهو الطفل شنوده ينضم الى قبيلتنا رسمياً مبروك نوماً هانئاً وأحلاماً سعيدة
وشغلت قضية الطفل شنودة الراي العام في مصر وفي الخارج ، واغضبت الملايين، حيث تم ابعاده عن الزوجان المسيحيان اللذان قاما بتربيته بعدما عثر عليه رضيعا داخل كنيسة، وايداعه في ملجأ واعتباره مسلم بالفطرة.