تعتبر الكنيسة المعلقة من أقدم الكنائس الموجودة في مصر، ولا تزال باقية حتى اليوم، وتقع في حي مصر القديمة، وفي منطقة القاهرة القبطية الأثرية، فهي على مقربة من جامع عمرو بن العاص، ومعبد بن عزرا اليهودي، وكنيسة القديس مينا بجوار حصن بابليون، وسميت “المعلقة” لأنها بنيت على برجين من الأبراج القديمة للحصن الروماني الذي بناه الإمبراطور تراجان في القرن الثاني الميلادي.
بنيت الكنيسة على أنقاض مكان احتمت فيه العائلة المقدسة، أثناء الثلاث سنوات التي قضوها في مصر هروبا من هيرودس حاكم فلسطين الذي كان قد أمر بقتل الأطفال تخوفا من نبوءة وردته.
بنيت الكنيسة بالطابع البازيليكي الشهير المكون من 3 أجنحة وردهة أمامية وهيكل يتوزع على 3 أجزاء، وهي مستطيلة الشكل، وصغيرة نسبيا فأبعادها حوالي 23.5 متر طولا و185 مترا عرضا و95 مترا ارتفاعا، وهي تتكون من صحن رئيسي وجناحين صغيرين، وبينهما ثمانية أعمدة على كل جانب، وما بين الصحن والجناح الشمالي صف من ثلاثة أعمدة عليها عقود كبيرة ذات شكل مدبب، والأعمدة التي تفصل بين الأجنحة هي من الرخام فيما عدا واحد من البازلت الأسود.
جددت الكنيسة عدة مرات خلال العصر الإسلامي مرة في خلافة هارون الرشيد حينما طلب البطريرك الأنبا مرقس من الوالي الإذن بتجديد الكنيسة، ومرة في عهد العزيز بالله الفاطمي الذي سمح للبطريرك افرام السرياني بتجديد جميع كنائس مصر، وإصلاح ما تهدم، ومرة ثالثة في عهد الظاهر لإعزاز دين الله.
كانت الكنيسة مقرا للعديد من البطاركة منذ القرن الحادي عشر، وكان البطريرك خريستودولوس هو أول من اتخذ الكنيسة المعلقة مقرا لبابا الإسكندرية، حتى دفن بها عدد من البطاركة في القرنين الحادي عشر والثاني عشر، ولا تزال توجد لهم صور وأيقونات بالكنيسة تضاء لها الشموع، كما شهدت الكنيسة محاكمات العديد من الكهنة والأساقفة والمهرقطين.
تعتبر الكنيسة قبله ومزارا هاما للأقباط، نظرا لقدمها التاريخي، وارتباط المكان بمسيرة العائلة المقدسة خلال رحلتها إلى مصر، إضافة إلى وجودها بين كنائس وأديرة العديد من القديسين.