يعد أحد أشهر مؤرخي الكنيسة في القرن العشرين فهو كاتب موسوعة تاريخ الكنيسة القبطية (١٨٩٩- ١٩٣٠) ؛ وله عدة مؤلفات هامة منها: شمس البر ، طريق السماء ، يسوع المصلوب ، حل مشكلات الكتاب وغيرها من الكتبتجي تعد مراة.
مر في حياته بتجارب قاسية كثيرة ؛ منها نياحة أبنائه ثم والدته مما سبب له حزنًا شديدًا جدًا.
تنيح يوم 16 مايو وهو لم يتعد 31 عاما وتسبب وحزن عليه شعبه ومحبيه إذ كان محبوبا جدا من جميع الطوائف والمسلمين الذين كانوا يسارعون بحمل نعشه يوم وفاته. وقد ذكر أنه علم بيوم وفاته وأخبر من حوله به.
قال عنه المتنيح مثلث الرحمات قداسة البابا شنوده الثالث “القس منسى يوحنا تنيح وعمره 30 سنة ولكنه ملأ الكنيسة بعظاته العديدة التي انتشرت بسرعة عجيبة”.
بعد نياحته نقل جثمانه إلى دير أبو فانا بعد أن شاهد أهالي المنطقة نورا يشع من قبره وسماعهم أصوات تسبيح في مزار خاص تكريما له وكان ذلك في 13 مايو 2005 م.