وُلِدَ حبيب جرجس بمدينة القاهرة سنة ١٨٧٦م من أسرة تقية مباركة، وأتم دراسته في مدرسة الأقباط الثانوية بالأزبكية والملحقة بالدار البطريركية، وذلك سنة ١٨٩٢م. وعاش حياته كلها متبتلاً مكرساً ومتفرغاً للدراسة والتعليم.
التحق بالكلية الإكليريكية حينما افتتحها البابا كيرلس الخامس سنة ١٨٩٣م، وكان أول طالب يدخلها وأول خريجيها سنة ١٨٩٨م. وكان قد عُين مدرساً للدين بها في السنة النهائية لدراسته وذلك بسبب غزارة علمه وتقواه، ففي أثناء دراسته عكف على القراءة الكثيرة في مكتبة البطريركية وقرأ أكثر ما فيها من مخطوطات ومطبوعات، كما كان يتردد ويتتلمذ على الإيغومانس فيلوثاوس إبراهيم رئيس الكنيسة المرقسية الكبرى بالأزبكية أشهر واعظ في عصره في الكنيسة القبطية ونهل من علمه الغزير.
لما رأى البابا كيرلس الخامس عِلمه وتقواه ومقدرته على الوعظ عيَّنه شماساً خاصاً له.
وفي سنة ١٩١٨م عيَّنه مديراً للكلية الإكليريكية ووفر له كل الإمكانيات اللازمة. ومنذ ذلك الحين كرّس كل طاقاته ووقته لخدمة الإكليريكية، فكان يعلِّم ويؤلف ويختار الأساتذة الصالحين للتدريس ويدبر المال اللازم لها، ووضع المناهج وارتقى بمستوى الطلاب.
أسس مدارس الأحد ووضع لها المناهج اللازمة، وألف الكثير من الكتب الدينية وكتب الترانيم، كما أسس مجلة شهرية هي مجلة الكرمة وكان يكتب فيها هو وصفوة من أساتذة الإكليريكية والخدام المثقفين.
لم يكن حبيب جرجس مجرد مدير للكلية الإكليريكية إنما هو بحق باعث للنهضة الكنسية في العصر الحديث. كانت تعاليمه سواء في كتبه أو مواعظه ليست مجرد كلام نظري، إنما عاش هذه الكلمات وطبقها في حياته.
وبعد أن خدم الأرشيدياكون حبيب جرجس الكنيسة ٥٥ سنة خدمة باذلة مضحية، مرض قليلاً وتنيح في ٢١ أغسطس سنة ١٩٥١م الموافق ١٥ مسرى ١٦٦٧ للشهداء.